Merckx, ganador de cinco Tour de Francia y cinco Giros de Italia, ha declarado que la situación del dopaje en el ciclismo es "cada vez es más grave" pero que hay algunas señales positivas. Sobre la posibilidad de prohibir competir definitivamente a los ciclistas que se dopen, para "El Caníbal" "no hay que tener piedad" en los casos de transfusión de sangre". Pero puntualiza que "también hay que considerar cuando se da positivo por usar un spray, del que se tenía incluso receta médica", como fue el caso del italiano Alessandro Petacchi.

Para Merckx, el problema del dopaje en el ciclismo no se resuelve haciendo menos duras las etapas en las grandes vueltas. El ex campeón belga acusa a los periodistas de "exagerar" cuando dicen que "no hay nada sano" en el ciclismo, y criticó la decisión de la televisión alemana de no retransmitir el Tour después del enésimo caso de dopaje. Merckx recuerda que muchos medios de comunicación escriben falsedades como el positivo del corredor Mauricio Soler, "que no había sido ni siquiera sometido al test antidopaje", o la vez que un periodista escribió que a él, en 1972, se le sorprendió en posesión de anfetaminas. "Me querellé contra él por difamación y el proceso sigue en marcha".

Sobre su expulsión en el Giro de 1969 por dopaje, Merckx ha explicado que "dijeron que era un estimulante que se encontraba en una medicina no prohibida, no se hizo el contraanálisis y los test posteriores dieron todos negativos". Sobre el español Alberto Contador, ganador de la última edición del Tour de Francia, Merckx considera que "es un buen corredor", sobre todo porque "con 24 años ya se ha impuesto en la carrera francesa, a pesar de que sufrió un accidente que casi le costa la vida".